Ediční zásady Academus Edition se opírají o zkušenosti srovnatelných edičních projektů. Jejich výrazným principem je dvouvrstevnatost, která spočívá v definici základních edičních principů platných pro edici jako celek a v průběžném upřesňování specializovaných edičních postupů platných pro konkrétní tituly nebo skupinu titulů.
Vedení a organizaci edice zajišťuje Ediční rada Academus Edition. Ediční plán vzniká na základě edičních návrhů posuzovaných a schvalovaných Ediční radou. Důležitou součástí edičního návrhu je zdůvodnění přínosu předkládaného projektu. Jednotlivé svazky podléhají recenznímu řízení.